Ущелье Комерши располагается в горном хребете Кетмень (Узынкара), находящимся в северо-восточной части горной системы Тянь-Шань. В средней своей части он ограничен Кегено-Текесской впадиной, переходящей на юго-западе в Терскей Алатау. Северные склоны хребта Кетмень открываются в Илийскую долину, где далее к северу и северо-западу возвышается Джунгарский (Жетысуйский) Алатау. Он вытянут в широтном направлении и на западе, в отроге Кулуктау примыкает к хребту Кунгей Алатау.